Supongo que deberías hacer un hook, algo así:
Código PHP:
Ver originaladd_action( 'wp_footer', 'nombre_de_tu_funcion' );
Aquí (según entiendo, pues esta es mi área flaca en WP) estás agregando tu función a wp_footer() que se ejecuta al final de cada theme. Eso si, wp_footer() debe existir en el theme.
De todas maneras mira este link
http://codex.wordpress.org/Plugin_API
Saludos.