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Iniciado por David 
El orden en que aparece dependerá del código Javascript que uses al recibir la respuesta a la petición Ajax. No deberías devolver la etiqueta <html>, ni siquiera ese <link /> si vas a inyectar directamente ese contenido en algún elemento del DOM.
El código AJAX que utilizo para devolverlo es:
Código PHP:
function answerAjax(){
if(request.readyState==4){
if(request.status==200){
//alert(request.responseText);
document.getElementById("classes").innerHTML=request.responseText;
}else{
alert("ha ocurrido un error"+request.statusText);
}
}
}
El resto del script AJAX que utilizo es:
Código PHP:
Ver original<script>
//Ajax Script
function require(){
try{
req = new XMLHttpRequest();
}catch(err1){
try{
req = new ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP");
}catch(err2){
try{
req = new ActiveXObject("Msxml2.XMLHTTP");
}catch(err3){
req = false;
}
}
}
return req;
}
var request = require();
function callAjax(){
var ramdom = parseInt(Math.random()*999999999);
valor = document.getElementById("numberclasses").value;
var url="classes.php?Value="+valor+"&r="+ramdom;
request.open("GET",url,true);
request.onreadystatechange = answerAjax;
request.setRequestHeader('Content-Type','application/x-www-form-urlencoded');
request.send(null);
}
function answerAjax(){
if(request.readyState==4){
if(request.status==200){
//alert(request.responseText);
document.getElementById("classes").innerHTML=request.responseText;
}else{
alert("ha ocurrido un error"+request.statusText);
}
}
}
</script>