Claro, el tema es que primero deberías identificar donde se produce el leak, porque puede ser PHP mismo..., el tema de las referencias circulares es algo que recién se soluciono en la versión 5.3.
Te dejo un par de referencias,
http://docs.doctrine-project.org/pro...rformance.html http://php.net/manual/pt_BR/features...iderations.php(mira que lindo escala la gráfica en PHP 5.2)
Si puedes aplica las mejoras que comenta la gente de doctrine y en la medida de lo posible ejecuta el código en PHP 5.3 a ver si el problema persiste en esa versión.
Saludos.