De la forma como lo planteas puedes implementar MVC utilizando el modelo y el controlador dentro del código php y la vista con html dentro de la aplicación movil de esta forma tendrás tu código mucho mas organizado y escalable, ademas existen frameworks php que facilitan dicho modelo permiteme recomendarte Codeigniter este tiene una buena comunidad y una muy buena info en su pagina oficial
Saludos
