Sinceramente no entiendo muy bien lo que hacés, como veo dos valores recuperados desde el datepicker ne me cierra de dónde proviene esa fecha en php.
De todas formas ejecutá este ejemplo
Código PHP:
Ver original<?php
$fecha = "12/04/2012";
echo $tiempo_en_segundos;
?>
<br>
<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
var tiempo_en_segundos = new Date('<?php echo $fecha; ?>').getTime() / 1000;
document.write(tiempo_en_segundos);
//]]>
</script>
como ves ambas cosas, $tiempo_en_segundos (php) y tiempo_en_segundos (js) devuelven los mismo, es decir una cantidad x de segundos para una fecha dada, es decir son comparables, y a mayor cantidad de segundos, más reciente la fecha.
En mi ejemplo ambas variables obtienen el resultado desde un valor comun, la variable $fecha, vos tendrías que hacer que el tiempo_en_segundos de javascript sea tomado del valor del campo completado del datePicker
mirá este formulario
http://luzdecielo.com/alquiler.bariloche?link=reservas
y poné las fechas mal, ¿es algo asi lo que estas queriendo hacer?
Saludos