Si dentro de las carpetas tenes sistemitas o algunas cosas donde no existira una ruta legible guardad en una base de datos(si es q asi lo fuera) lo q tenes q hacer es forzar a php a q en esas carpetas no use rutas legibles, como? pues dentro de las carpetas que necesites acceder sin ruta legible mete un htaccess con este codigo:
RewriteEngine Off
Ya con esto podras acceder a las carpetas q quieras, obviamente a cada carpeta que quieras acceder asi tendras que meter ese htaccess :) Creo q con esto se te solventa tu problema jeje
Ejemplo: tenes tu proyecto en var/www/tuproyecto
tu proyecto acederia desde los dominios a esa ruta asi :
www.tudominio.com
si quieres navegar tu funcionara el htaccess
www.tudominio.com/categoriaX
pero si quieres entrar a la carpeta "admin por ejemplo, tendrias q, dentro de esa carpeta admin agregar un htaccess con el codigo q te puse antes y ya podras acceder a la carpeta asi:
www.tudominio.com/admin en donde aca posiblemente lo q tengas al entrar es un login para el administrador :)
Recuerda que las rutas legibles son aparte para SEO, una medida de seguridad para que no vean las variables que manejas por medio del metodo $_GET. Entonces tu, al querer acceder a la carpeta /imagenes en realidad lo que busca es (depende tu programacion) una categoria con imagenes, una galeria, etc, no se ahi depende de como has programado pero nunca una carpeta fisica :).
Espero haber sacado alguna de tus dudas :)