Ya lo solucione compañeros, tenia q poner el valor asyncrono en false dentro del ajax para que esperara el valor y no hiciera la operacion al mismo tiempo que seguir el programa de javascript.
Asi debe de quedar el ajax para que funcione como yo quiero
Código PHP:
$.ajax({
async: false,
type: "POST",
url: base_url+"validaciones/validar_id",
data:{idnvo: idnvo},
success: function(msg){
window.alert (msg);
return false;
}
})