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[gnzsoloyo]

Borrar los datos las tablas con DELETE no reinicia los autoincrementales. No lo hace por seguridad, precisamente porque un DELETE supone que en algún momento se hizo un backup o copia de los datos para ser almacenado en alguna parte. Entonces, si se reiniciaran los AI, como mayormente se usan de PK, terminarías pisando valores en los siguientes backups.
Es un problema de consistencia histórica.
¿Se entiende?
Por política, jamás se borran los datos de una base, sino que se desactivan.
Ahora bien, si lo que quieres es una base "limpia" de datos, porque jamás vas a volver a usar esos datos anteriores, lo que corresponde es truncar las tablas.
Eso se hace con:

Código MySQL:

TRUNCATE TABLE nombreTabla;
 

Esto funciona con tablas InnoDB, pero no con las MyISAM. Con las segundas lo que corresponde es usar ALTER TABLE:

Código MySQL:

ALTER TABLE nombreTabla AUTO_INCREMENT =1;