Tocarlo y sin saber java va a ser complejo. ¿No es mejor buscar otra herramienta que cumpla tus espectativas?. Por ejemplo, redmine
http://www.redmine.org/ es bastante completa y amigable.
Si sólo quieres tocar el aspecto visual de la página, posiblemente debas buscar ficheros de extensión .css. Quizás también tengas algo de estilo dentro de los ficheros .jsp, pero no es lo habitual en una aplicación bien hecha.
Se bueno.