Te diría que como primer medida pruebes esto solo
Código Apache:
Ver originalOptions +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteRule ^usuario/(.*)$ /perfil.php?usuario=$1 [L]
Luego tu segunda regla no tiene mayor sentido, si contacto.php existe y querés camuflar la extensión hacés esto
Código Apache:
Ver originalRewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
RewriteRule ^contacto$ /contacto.php [NC,L]
Siempre andá probando una regla a la vez y verificando el funcionamiento, recien entonces agregás otra
Saludos