Código PHP:
Ver original $lib1[$i]= $rowNot["originales"];
$lib2[$i] = '<select name="prueba" id="prueba'.$i.'">'.'<option value="'.$rowNot['sustitucion'].'">'.$rowNot['sustitucion'].'</option>'.' <option value="'.$rowNot[2].'">'.$rowNot[2].'</option>'.'<select>';
$i++;
}
Ya tienes el identificador secuencial....fácil no?