Pasar variables de Php y recibirlas en funcion de javascript en una url

[emprear]

Estás imprimiendo mal el html

por ejemplo (pongo un fragmento)

echo "
<input type='button' onClick='myPopup(".$var1."+".$t4.")' value='Detalle'></td></tr>";

Eso va a sacar (suponiendo que $var1 = var1 y $t4 = t4
<input type='button' onClick='myPopup(var1+t4)' value='Detalle'></td></tr>
es decir tu función es llamada con
myPopup(var1+t4)
una variable que a su vez es la suma de dos variables de javascript que no estan definidas

debería ser algo asi

echo "
<input type='button' onClick=\"myPopup('".$var1."','".$t4."')\" value='Detalle'></td></tr>";

Aqui también

window.open("sub_clap.php?id="+var1+"&rfc="<?php echo $t4; ?>, "myWindow",

imprimiria

window.open("sub_clap.php?id="+var1+"&rfc="t4, "myWindow",
debería ser
window.open("sub_clap.php?id="+var1+"&rfc=<?php echo $t4; ?>", "myWindow",
para que imprima
window.open("sub_clap.php?id="+var1+"&rfc=t4", "myWindow",

saludos