Buenas,
el puerto 443 es para el protocolo web bajo conexión segura, es decir, https en lugar de http.
La máquina donde tienes el apache está conectada directamente a internet o tienes algun filtro antes tipo firewall? Lo ideal sería que tuvieses un sistema de detección de intrusos (IDS) para evitar ataques masivos para generar denegaciones de servicio (DoS) o similares.
Para la seguridad de los ficheros, tienes que mirar los ficheros .htaccess:
http://es.wikipedia.org/wiki/Htaccess http://httpd.apache.org/docs/2.2/howto/htaccess.html