puedes hacer algo como esto
Código PHP:
$i = 0;
$ar = array(1,4);
$file = fopen("fichero.txt", "r") or exit("Error abriendo fichero!");
while($linea = fgets($file)) {
if (feof($file)) break;
if (in_array($i, $ar)){
// no copiarla
}
else{
// esta es de las que si tienes que copiar
}
$i++;
}
fclose($file);
no lo he probado , pero debe de andar cercano a lo que buscas