Código:
<form id="formu1" ...>
...
...
<input type="text" id="contrasenanueva" ...>
<input type="text" id="contrasenanueva1" ...>
<input type="submit" onClick="comprobarPass()" ...">
</form>
<script>
comprobarPass() {
if (document.getElementById('contrasenanueva').value==document.getElementById('contrasenanueva1').value) {
document.getElementById('formu1').submit();
}else{
document.getElementById('contrasenanueva').value ="";
document.getElementById('contrasenanueva1').value ="";
}
}
</script>
En negrita los cambios en tu html. Está sin probar, habrá errorcillos.