en efecto amigo, si lo tienes en el medio del string, TRIM no lo borrará, tendrás que usar hacer algo así
Código PHP:
// replace CRLF's with spaces
$string = str_replace("\r\n", " ", $my_string);
// or just delete the CRLF's (by replacing them with nothing)
$string = str_replace("\r\n", "", $my_string);