Es muy raro, ¿haz visto con un editor si están los saltos de linea? Si usas notepad++ puedes ver en View -> Show Symbol -> Show all Chars.
Trim justamente limpia los carácteres de salto, \n y \r, así que sin ver el código que usas es probable que tu problema este en otro lado, ya que eso es lo que hace la función, ve este ejemplo:
Código PHP:
Ver original$cadena = "Una cadena con un salto al fnal\r\n";
Si los saltos están intermedios, puedes usar str_replace para reemplazarlos dentro de la cadena:
Código PHP:
Ver original$cadena = "Una cadena con un salto en\r\nmedio del texto";