Bueno, no se si te explicas muy mal o soy yo el que no te entiendo. Voy por la tercera explicación del problema. Si la primera consulta es exitosa no seria necesario tener que evaluar la siguiente.
Código PHP:
if ($Columnas<=0){
Aqui le dices que
si no existe la consulta te muestre una alerta y se cierra el aplicativo
En este else
le estas diciendo lo contrario,que si existe la consulta (es decir que si encontro la cédula) y le vuelves a decir que busque en la otra tabla. ¿Para que necesitas volver a buscar si ya encontro un resultado y para ti es condición suficiente con que sea uno verdadero? Si en la segunda condición encuentra falso pues es obvio que se va a cerrar el aplicativo.
Espero que hayas entendido cual es el error que tienes, es solo de ponerle un poco de sentido comun y hacer lo que llaman prueba de escritorio para saber que es lo que estas haciendo. Creo que tienes herramientas suficientes para corregir el error.