En primer lugar, bienvenido a FDW @graygler
Y sí, parece que estás liando las cosas.
si usas el onload del body para cargar registro.php en el div con ajax, ya estás havciendo algo demás, solo necesitás
<div id="contenido">
<?php include('registro.php');
</div>
Aqui, aunque no lo especificas supongo que registro.php contiene un form para registrarse (si no no entiendo de donde viene el form que hablás)
ahora si ese mismo form lo procesas con ajax el contenido del div se reemplazaría por el responseText del php que procese el form.
Lo que me pregúnto es una vez hecho eso, desde dónde vas a volver a cambiar el contenido del div id="contenido", desde el menú tal vez?
quizás lo más lógico es que ppongas el include del registro.php en otro div, proceces el form con ajax, y si no hay error, mandes la respuesta aa contenido y ocultes div que contiene el form de registro cambiando su propiedad css display
Se entiende?
Salu2