Te estas complicando la vida, recuerda que al final con Javascript unicamente vas a trabajar con el HTML generado por PHP, así que olvídate de como generas el select (y sus options), eso a Javascript no le importa, lo unico importante es que generes un HTML valido y correcto, ahora no se con que estas trabajando si con Javascript puro o con algún framework, en todo caso es facil obtener el valor seleccionado....
el HTML
Javascript
Código Javascript
:
Ver originalvar optionIdex = document.getElementById('opciones').selectedIndex;
var valorSeleccionado = document.getElementById('opciones').options[optionIndex].value;
alert(valorSeleccionado);
//aquí se supone que lo envias como cualquier otra variable via ajax
//y ya con PHP lo obtienes de la forma tradicional ($_GET|$_POST)
//según la forma que lo has enviado
Ya teniendo el valor seleccionado es muy sencillo enviarlo via Ajax...