La forma en que lo haces no está mal, aunque tal vez algo como
lesscss y su versión
en PHP pueda darte un mejor resultado.
Hace un tiempo hice una clase para parsear CSS que permitía crear y modificar un CSS original (insertar datos, modificar una clase o id, tomar sus valores). Usando
strtok() ayuda en el parseo.
La verdad es que es bastante complicado hacer eso, pero el resultado son hojas de estilo limpias, cacheables y sin necesidad de base de datos.
Las clases css se generan en la UI mediante Javascript (en el tunel con PHP se pueden parsear estos datos para mas seguridad) y es esta interfaz la que construye la hoja de estilos.
Un saludo