Mira he pasado por el mismo problema y la solucion parece ser muy simple el uri_segment por defecto es 3 y al utilizar nuestros controladores dentro de una carpeta cambia el URI_SEGMENT deberias cambiar el numero uri_segment al segmento adecuado por ejemplo si tu url es
Código HTML:
Ver originalhttp://localhost/misitioweb/carpeta/Controller/MetodoControlador/NumeroPagina
Tu URI_SEGMENT seria :
Código PHP:
Ver original$config['uri_segment'] = 4;
//siendo
//URI_SEGMENT_1 = carpeta
//URI_SEGMENT_2 = Controller
//URI_SEGMENT_3 = MetodoControlador
//URI_SEGMENT_4 = NumeroPagina
Espero que esto resuelve el problema