Podrías usar implode para unirlo y así formar la sentencia de SQL, ejemplo rápido para que tengas una idea
Código PHP:
Ver original<input type="checkbox" name="foo[]" value="foo" />
<input type="checkbox" name="foo[]" value="bar" />
<input type="checkbox" name="foo[]" value="baz" />
<input type="checkbox" name="foo[]" value="bat" />
<input type="checkbox" name="foo[]" value="candy" />
<input type="checkbox" name="foo[]" value="fruits" />
Código PHP:
Ver original<?php
if( !empty($_POST['foo']) ){ $where[] = ' foo = "' . implode('" AND foo = "', $_POST['foo']) . '"'; }
$qry = 'SELECT * FROM foo_table ' . ( ( !empty($where) ) ?
' WHERE ' . implode(' AND ', $where) : '' );
Todo eso puede imprimir algo como
SELECT * FROM foo_table WHERE foo = "foo" AND foo = "bar" AND foo = "baz"