tu problema radica en la consulta:
Código PHP:
Ver original$sql = mysql_query("SELECT usuario.usuario,asignatura.nombre_asig, notas.nota1 , notas.nota2 , notas.nota3 , notas.nota4 FROM usuario INNER JOIN notas ON usuario.usuario = notas.rut_alumnos INNER JOIN asignatura ON ASIGNATURA.cod_asig='$codigo';");
fijate que el ASIGNATURA.cod_asig se llame asi en tu base de datos.
PD: lo puse en mayusculas para que resate, pero ve en minisculas.