En donde tienes el botón que te abre el ModalPopupExtender en un GridView o un botón a fuera ?
Mira como lo hago yo y comparas para ver:
Código Javascript
:
Ver original<%@ Register Assembly="AjaxControlToolkit" Namespace="AjaxControlToolkit" TagPrefix="ccT" %> // Debe estar en la segunda linea de tu pagina .aspx
<ccT:ToolkitScriptManager ID="ToolkitScriptManager1" runat="server"></ccT:ToolkitScriptManager> // Este debe estar antes de los controles de tu pagina o sea debe estar antes de comenzar a armar tu pagina con los controles asp
<asp:Button ID="btn1" runat="server" Text="button1" />
<ccT:ModalPopupExtender ID="mdlPopup" runat="server" TargetControlID="btn1" PopupControlID="PnlPopup">
</ccT:ModalPopupExtender>
<asp:Panel ID="PnlPopup" runat="server" style="display:none;">
// Contenido
</asp:Panel>