La verdad no voy a poder ayudarte mucho con tu problema porque nunca me ha tocado trabajar con SQL Server y Joomla. De todas formas, por lo que veo, ya tienes Joomla corriendo sobre SQLServer. Y el problema radica unicamente en los componentes que estas usando.
Tienes dos opciones:
1) Realizar tu mismo el componente(o lo que necesites) y utilizar la instancia de
JDatabase.
2) Modificar los componentes que hayas descargado para que utilicen JDataBase.
Realmente me extraña que no lo usen ya. ¿Has mirado un poco los modelos para ver como se conectan a la BBDD?
Por cierto. ¿El entrono de producción va a ser el que indicas en tu primer post?