Efectivamente, el crear URL's amigables te va a ayudar a tener un mejor SEO en tu página.
Para corregir los posibles errores que puedas cometer con ese cambio drástico, tienes que hacer "
redirecciones 301" de las viejas URL's a las nuevas, para de esa forma no perder posicionamiento en las URL's que ya tengas en las SERPS y Google de esa forma vea que son las mismas y modifique en el buscador las viejas URL's por las nuevas.