Si desde linea de comandos lo ejecutas así
tu.exe parametro1 parametro2 parametro3
puedes simplemente hacer esto en java
aplicacion.exec("tu.exe parametro1 parametro2 parametro3");
Si lo ejecutas así
tu.exe < imagen.jpg > salida.txt
o asi
tu.exe imagen.jpg > salida.txt
entonces echa un ojo a esto
http://www.chuidiang.com/java/ejempl...me/runtime.php y fíjate en la parte donde se indica "leer la salida de un programa". Lo que se envía a traves de > salida.txt llegará a tu programa java en vez de escribirse en fichero. Lo que leas con tu.exe < imagen.jpg espera que sea tu programa java el que se lo pase (process.getOutputStrem() y escribes ahí el contenido del fichero de imagen).
Se bueno.