Ya encontre el problema (al menos en windows)... file() le esta dejando el caracter de retorno de carro y nueva linea al final...
Aqui te dejo el codigo que me sirvio...
Código PHP:
<?
//Extraemos las palabras a un array que contiene un valor para cada linea del archivo
$palabrasNO=file("words.txt");
// Ahora creamos la variable para comparación
$texto="Me gusta la música el";
//Creamos un nuevo array, uno con cada palabra del texto...
$palabras=explode(" ",$texto);
//Ahora hacemos un loop para contar las palabras que NO estan en el archivo
$contador=0;
foreach ($palabras as $p){
if (!in_array($p."\r\n",$palabrasNO)){
$contador++;
}
}
echo $contador."\n";
print_r ($palabras);
print_r ($palabrasNO);
// Listo!!
?>