Código:
<script>
function marcar(){
//El Try es para evitar caidas si el elemento no existe
try{
var valortext = document.getElementById('ID').value;
document.getElementById('check' + valortext).checked=true;
document.getElementById('hora1' +valortext).value = devolverhora ();
}catch(e){
}
}
</script>
<script>
function devolverhora(){
ahora=new Date();
hora1=ahora.getHours();
minutos=ahora.getMinutes();
segundos=ahora.getSeconds();
return hora1+":"+minutos+":"+segundos;
}
</script>
function devolverhora(){
ahora=new Date();
hora1=ahora.getHours();
minutos=ahora.getMinutes();
segundos=ahora.getSeconds();
return hora1+":"+minutos+":"+segundos;
}
</script>
El javascript debe de estar de esa manera, y debería funcionar.
Revisa donde pusiste <? porque la etiqueta correcta es <?php
Mira el código fuente de tu pagina para saber si los input generados tiene el id correcto.