query con doble group

[gnzsoloyo]

da la impresión de que no has entendido completamente la propuesta.
La idea es que si lo que quieres es saber cuántos registros hay en cada zona tal que correspondan sólo a clientes con una única cuenta, eso es una consulta sobre una subconsulta:

Código MySQL:

SELECT T1.cue_zona, count(*)  registros
FROM 
    (SELECT
        CU.cue_zona,
        C.client_id,
        C.client_nombre,
        C.client_rfc,
        Count(CU.client_id) TIENE,
        CU.cue_ciudad,
        CU.cue_asigBandera,
        CU.cue_regionBandera,
        CU.cue_capaid,
        CU.cue_estatus
    FROM
        cuentas CU INNER JOIN clientes C ON CU.client_id = C.client_id
    WHERE
        CU.cue_estatus = 'act' AND
        CU.cue_asigBandera = 2012 AND
        CU.cue_regionBandera = 7
    GROUP BY CU.client_id
    HAVING TIENE = 1
    ORDER BY CU.cue_zona ASC) T1
GROUP BY tuConsulta.cue_zona;
 

Ahora bien, si lo que quieres es un registro de subtotal por cada cuenta, más el total final, la cosa es completamente diferente.
Andaría por acá:

Código MySQL:

SELECT
    CU.cue_zona,
    C.client_id,
    C.client_nombre,
    C.client_rfc,
    Count(CU.client_id) AS TIENE,
    CU.cue_ciudad,
    CU.cue_asigBandera,
    CU.cue_regionBandera,
    CU.cue_capaid,
    CU.cue_estatus
FROM
    cuentas CU INNER JOIN clientes C ON CU.client_id = C.client_id
WHERE
    CU.cue_estatus = 'act' AND
    CU.cue_asigBandera = 2012 AND
    CU.cue_regionBandera = 7
GROUP BY CU.client_id, CU.cue_zona ASC WITH ROLLUP
HAVING TIENE = 1;