Error al introducir caracteres extraños en MySQL

[gnzsoloyo]

Si el error se produce en la la programación durante la generación del archivo, tienes que verificar esa parte.
Por alguna razón está fallando ese ciclo.

Forzarlo no garantiza la recuperación, porque peude que el archivo ya esté corrupto al momento de arirlo.

¿Qué es lo que llamas desde el C#? ¿mysqldump.exe u otra herramienta intermedia?

Por otro lado, si usas mysqldump, no puedes usar el MySQL Administrator para cargarlo. En todo caso deberías usar el MySQL Query.
Y personalmente te aconsejo que descartes definitivamente ambas herramientas porque están obsoletas y discontinuadas (proyectos cancelados). Las reemplazaron con el MySQL Workbench.