Hola:
Acabo de probar algo que tenía pendiente y parece que funciona también en explorer, y es usar estilos. Es así de sencillo:
Código:
<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" version="1.1" width="625px" height="571px" id="mapa_hispano" style="border: 3px ridge blue; margin: auto; background-color: #99ffff;">
<style type="text/css">
<![CDATA[
polygon {fill: #00FF00;};
polygon:hover {fill: #FFFF00;};
]]>
</style>
<!-- aquí el resto... -->
</svg>
Saludos