Consejo de uso de taxonomias

[doylelives]

Pues he visto varios plugins de custom types que contemplan taxonomias siempre, sin embargo a la hora de la practica no le veo como aplicarlo correctamente.
He podido crear un nuevo tipo de contenido al que llamo "seccion", generé todas las secciones mencionadas arriba pero no tiene sentido ya que un conjunto de secciones debe a su vez estar "contenidas" en una "pagina o entrada". Sigo investigando pero no he encontrado algo a lo que busco lo cual tampoco es muy complicado...