Creo que le estas poniendo a cada control elm ismo nombre, por tanto se van copiando uno encima de otro,
Código Javascript
:
Ver originalfor(i=0;i<primera.length;i++){
var caja=document.createElement("input");
caja.setAttribute("type","text");
caja.setAttribute("size","2");
caja.setAttribute("id","contenedor");
document.body.appendChild(caja);
}
prueba a poner caja.setAttribute("id","contenedor"+i); asi cada control tendra nombre diferente
creo que asi funcionará.
tb debes rectificar la document.getElementById("contenedor"+i).value=prim er a[i];
saludos