No es cuestión de Javascript sino de HTML.
Cuando defines tu página de marcos le das un nombre a cada marco:
Código:
<frameset rows="20%,*">
<frame src="top.htm" name="cabecera">
<frame src="main.htm" name="principal">
</frameset>
De esta manera, si por ejemplo quieres cambiar el color de fondo de la cabecera desde la página principal, puedes hacer
Código:
top.cabecera.document.bgColor='red';
Espero quete sirva.
Un saludo.