elrey123, creo que el problema está mal encarado. Lo que querés no es verificar el último archivo, sino todos los archivos que lleguen en un intervalo de tiempo, ¿o no?
La opción que sugiere BrujoNic me parece acertada (copias incrementales). Por ejemplo, podrías hacerlo con rsync.
Si la idea es hacerlo como un daemon, prueba inotify (podés crear un script que reaccione cada vez que se agrega un archivo al directorio). Lee el manual de inotify, o esta página:
http://blog.lagentz.com/general/auto...d-inotifywait/
Saludos.