Ostras!!! en esa parte no me habia fijado, gracias por citarlo 
vtj 
Si se registran directamente desde la DB tenemos un problema, verifica los permisos/atributos del archivo (CHMOD) 
config.php (deben ser 644). 
No se si tienes mod_rewrite en tu servidor, voy a pensar que si...
Verifica que pone exactamente en el .htaccess de la raíz del foro, si esta este código: 
Código:
 #
# Uncomment the statement below if you want to make use of
# HTTP authentication and it does not already work.
# This could be required if you are for example using PHP via Apache CGI.
#
#<IfModule mod_rewrite.c>
#RewriteEngine on
#RewriteRule .* - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%{HTTP:Authorization},L]
#</IfModule>
<Files "config.php">
Order Allow,Deny
Deny from All
</Files>
<Files "common.php">
Order Allow,Deny
Deny from All
</Files>
  Cámbialo entero por este otro código: 
Código:
 #
# Uncomment the statement below if you want to make use of
# HTTP authentication and it does not already work.
# This could be required if you are for example using PHP via Apache CGI.
#
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteRule .* - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%{HTTP:Authorization},L]
</IfModule>
<Files "config.php">
Order Allow,Deny
Deny from All
</Files>
<Files "common.php">
Order Allow,Deny
Deny from All
</Files>
  También cambia la contraseña de la DB del foro.