Gracias de antemano por la respuesta, en si no importa mucho si ID.CLIENTE es null, lo que interesa es que ese registro de remisiones esta dentro de las condiciones de busqueda (fechas y forma de pago). Pero aplique un Left Join y me funcionó.
A continuación lo que hice, para que por favor me corrijas o me des el visto bueno.
Código MySQL:
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R.idhabitacion HAB,
C.nombrecomercial Cliente,
R.idfoliohuespedes Folio,
MO.precio Importe,
CC.descripcion FormaPago,
U.login usuario,
R.CIERRE FechaHora
movtoshotel MO
INNER JOIN cuentascontables CC
on MO.idcuentacontable
= CC.idcuentacontable
R.CIERRE
BETWEEN '2012-11-11 00:00:01' AND '2012-11-11 23:59:59'
AND MO.IDCUENTACONTABLE
IN ('MC', 'EFE', 'VI')