Casi todos los programas (apt, wget, lynx, ...) pueden usar proxy con la variable de entorno $http_proxy.
Si no me equivoco, para que apt funcione atraves del proxy te valdria con hacer un export, esto sería más o mneos asi:
#export http_proxy="http://nombre_o_ip_del_proxy:puerto"
#export ftp_proxy="http://nombre_o_ip_del_proxy:puerto"
MIra tambien si tienes un "man apt.conf" que creo que lo tendras, creo que tambien se puede crear un fichero:
/etc/apt/apt.conf.d/
y establecer algunas reglas, aunque nunca se me ha dado esa situación.
Te dejo tambien una guia cojonuda:
www.escomposlinux.org/jcantero/download/ apt-doc/apt-guia-usuarios.pdf
Seguiré buscando. Prueba y dime que pasa.
Saludos