Pues tendrás que usar en el lenguaje que uses de lado servidor un condicional —if-else. Que como ya has preguntado en PHP y tienes el hilo abierto ahí, tal vez debas reformular bien la pregunta por algo del tipo "
¿Cómo dejo un checkbox seleccionado según las opciones del usuario?". Si es que realmente es eso lo que quieres hacer, porque no me queda del todo claro.
Para dejar seleccionado un checkbox, se hace así en HTML:
En HTML sí, hay que ponerlo todo a pelo, porque HTML no es un lenguaje de programación, sino de marcado. Como sabrás PHP genera HTML según se programe. Así que ese atributo
selected tendrás que generarlo con un condicional en PHP para que sólo aparezca en el caso —condicional— que lo necesites.