En realidad no hay diferencias, tanto una aplicación como un sitio HTML5, se desarrollan en HTML5, una perogrullada, lo sé, pero sencillamente así es.
Dónde si vas a encontrar diferencias, es si tomamos en cuenta el sentido que se le está dando al termino App HTML5 actualmente, que es el de crear Aplicaciones independientes (un widget, ó una aplicación de escritorio) en HTML5 fuera del entorno del Navegador.
La siguiente
http://www.gabereiser.com/flickr/index.html
es una app hecha en HTML5, pero está implementada en un "site"
Para ejecutar una aplicación html fuera del navegador vas a necesitar de algún runtime como Adobe Air.
Saludos