Veamos........
Cita: Al iniciar el sistema sale el LILO y me pregunta si deseo windows o linux, si eligo windows me sale otro gestor preguntandome si deseo winxp o win98
Podrías decirnos si el otro gestor es aún el del xp? ah y con que modificaste tus particiones, con una utilidad del xp(perdón no sé como se llame)?
Intenta con esto, haz un disco de inicio de Linux y luego con el cd del win98 usalo para bootear con él y luego entras en la carpeta win98 del cd y pones:
E:\Win98>format /mbr, sino me equivoco es así, con esto restauraras el mbr del win98 quitando lo del lilo, una vez hecho eso usa el gestor que usabas antes he intenta entrar al win98.
Danos más datos y trata con algo de lo que te he dicho a ver si se arregla, acá andaremos pa' ayudar
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