En ese caso quizás convendría hacerlo al modo de Javier, o sea full Javascript.
Te hago una referencia que debería funcionar, pero si no funciona te pido que publiques el código tal como lo llevas para no confundirnos, primero agregas una id única a cada checkbox para diferenciarlo y también una clase común para manipularlos todos:
<input name="aplica[]" value="<? echo $row ['id'];?>" type="checkbox" <?php if($row ['id'] == $_POST['id']) echo "checked='checked' "; ?>
id="check<? echo $row ['id'];?>" class="check" />
y una id para el input de texto:
<input type="text" name="id"
id="id" />
luego el botón de envío lo cambiaremos por un botón simple:
(Version Javascript)
Cita: <script>
function marcar(){
//El Try es para evitar caidas si el elemento no existe
try{
document.getElementById('check' + document.getElementById('id').value).checked=true;
}catch(e){
}
}
</script>
<input type="button" name="buscar2" value="Buscar" onclick="marcar();" />
(Version JQuery (siempre más corta))
Cita: <input type="button" name="buscar2" value="Buscar" onclick="$('#check' + $('#id').val()).attr("checked","checked");" />