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Iniciado por Juan Carlos 
Si la tienda va a ser movida a la raiz (es lo más correcto), ¿por qué al principio hablas de moverlo a /NuevaTienda/? Si es para hacer pruebas, puedes hacerlas directamente desde la raiz, bloqueando previamente la raiz desde el robots.txt y una vez tengas ya todo ensamblado, quitar el "disallow".
Como bien dices, el secreto está en hacer redirecciones 301 de las antiguas URL's a las nuevas para no perder posicionamiento en las SERPS y que no se vea que es contenido duplicado. Y una vez esté todo correcto ya puedes proceder a eliminar las carpetas antiguas.
Hola Juan Carlos, gracias por responder tan rápido.
En realidad hemos utilizado el directorio /NuevaTienda por el que la raiz del dominio tenía demasiados archivos y carpetas que no sabíamos muy bien lo que eran y si podía interferir con alguno de los blogs o aplicaciones que había instaladas... por eso escogimos un directorio en donde la instalación fuera lo más limpia posible.
Entonces los pasos descritos son los que habría que llevar a cabo,no me dejo ninguno no? haciendo manualmente las redirecciones 301 (500 productos).
Después de pasado cuanto tiempo puedo eliminar las lineas 301 del htacess? O las dejo ahí de manera permanente aunque haya pasado 1 año desde la puesta en marcha de la tienda?
Gracias.