se me ocurre cada campo del estilo
ciudadano[numeroderenglon] dni[numeroderenglon] edad[numeroderenglon] municipio[numeroderenglon]
en el formulario, para el checkbox de la misma forma usar
nombrecheckbox[]=numeroderenglon
entonces cuando se reciban los datos
se podria hacer un foreach de nombrecheckbox poniendo como indices de los arreglo los que hay seleccionados
Código PHP:
Ver original#ejemplo pseudocodigo
foreach ($nombrecheckbox as $value) {
echo $ciudadano[$value];# aqui seria insertar cada uno despues del proceso de asignado a otra variable
}