Primero que nada, una idea sobre cuando es una solucion de PHP y cuando es de Javascript...
PHP no interactua con el navegador (ventanas, frames, etc).
Para mi gusto, deberías poner tu enlace mas o menos así...
<a href="cerrar.php" target="_top">Cerrar</a>
De esa forma, cuando alguien da un click, se dirige el navegador a la página cerrar.php, olvidandose de todos los frames. Una vez en cerrar.php, tu puedes cerrar la sesión, borrar cookies, o lo que quieras...
Espero que ayude.
