Justo estoy metido en un proyecto personal que gira fundamentalmente en un Setting para un Theme. Creo que deberías leer la documentación de WordPress con respecto a estas cosas
http://codex.wordpress.org/Settings_API
Puede resultar algo tedioso, sobre todo por lo extenso que puede ser tu código, pero cuando le cojas la vuelta saldrá muy fácil. Si quieres puedes fijarte en el theme Twentyeleven que trae un setting que te puede servir de ejemplo para tu trabajo.
Saludos.