Holas,
No se ve la primera imagen que posteas, pero si te refieres a plantillas, lo que podrias hacer es tener un archivo para las caberceras (header.php por ejemplo) y otro para los pie de paginas (footer.php por ejemplo), y tener el contenido por ejemplo (un archivo adminision.php ):
Código PHP:
Ver original<?php
require_once('header.php');
/* contenido del archivo*/
require_once('footer.php');
?>
Creo que podria depender si tu aplicacion es para una intranet o si es publica, pues si deseas tenerlo mas publica creo que mejor seria tenerlos como carpetas como lo estas haciendo por cosas de indexacion de carpetas y archivos en los buscadores.
Espero que pueda servirte en algo de información.
Saludos