Abrí un nuevo blog, y mi primera entrada a sobre este tema:
https://sqlserverencastellano.wordpr...iento/#more-18
Mi conclusión (si no tienen paciecia a leér toda la entrada..) es que el operador Not In es menos eficaz que el Not Exists solo en caso de columnas que permiten nulos.
En otros casos (In vs. Exists, columnas que no habilitan nulos..) el rendimiento de ambos operadores es lo mismo.